南通港為長江三角洲主要河港及國家其中一個重要樞紐港，並為國家一類開放對外貿易的口岸。南通港擁有長江岸線4.2公里，佔地1.5平方公里，共有五個主要碼頭，包括通州港、江海港、姚港港、狼山港及集裝箱碼頭。該五個碼頭合共經營23座生產泊位，其中包括2座15萬噸級泊位、5座7萬噸級泊位、3座5萬噸級泊位及3座1萬噸級泊位。

南通港口集團處理之主要乾散貨種有鐵礦石、礦石、水泥熟料、鋼材、煤炭、硫磺、化肥、穀物及糧油。南通港為長江下游第二大之大宗散貨分銷中心，亦是國內最大之硫磺集散港及長江沿岸作中轉之最大鐵礦石樞紐港。南通港憑藉水陸兩路接連長江流域的優勢，成為理想之貨物中轉集散樞紐港。

2009年為南通港連續第4年突破億噸年吞吐量。南通港口集團於2009年之全年散貨吞吐量達5,500萬噸，較去年增加2%。