南通港为长江三角洲主要河港及国家其中一个重要枢纽港，并为国家一类开放对外贸易的口岸。南通港拥有长江岸线4.2公里，占地1.5平方公里，共有五个主要码头，包括通州港、江海港、姚港港、狼山港及集装箱码头。该五个码头合共经营23座生产泊位，其中包括2座15万吨级泊位、5座7万吨级泊位、3座5万吨级泊位及3座1万吨级泊位。

南通港口集团处理之主要干散货种有铁矿石、矿石、水泥熟料、钢材、煤炭、硫磺、化肥、谷物及粮油。南通港为长江下游第二大之大宗散货分销中心，亦是国内最大之硫磺集散港及长江沿岸作中转之最大铁矿石枢纽港。南通港凭借水陆两路接连长江流域的优势，成为理想之货物中转集散枢纽港。

2009年为南通港连续第4年突破亿吨年吞吐量。南通港口集团于2009年之全年散货吞吐量达5,500万吨，较去年增加2%。